Danh mục và mã số các đơn vị hành chính cấp xã (quy định tại Phụ lục II) gồm 3.321 đơn vị hành chính cấp xã được mã hóa bằng bốn chữ số.
Theo dự thảo, nguyên tắc sắp xếp đơn vị hành chính khi mã hóa là đơn vị hành chính được xếp theo thứ tự Bắc - Nam, Tây - Đông, lấy đường ranh giới ở điểm địa đầu và có kết hợp với vùng địa lý của từng cấp làm căn cứ xác định.
Trong phạm vi cả nước, TP Hà Nội được xếp thứ nhất, các tỉnh, thành phố còn lại được xếp theo nguyên tắc trên.
Trong phạm vi cấp tỉnh, đơn vị hành chính có trụ sở UBND được xếp thứ nhất, các đơn vị hành chính còn lại được xếp theo thứ tự thành thị trước, nông thôn sau, từ Bắc xuống Nam, từ Tây sang Đông.
Đối với cấp tỉnh trong trường hợp tách tỉnh, tỉnh có trụ sở UBND đóng trên địa điểm cũ thì mã số đơn vị hành chính cấp tỉnh, cấp huyện và cấp xã không thay đổi.
Tỉnh có trụ sở UBND đóng trên địa điểm mới được xếp vào vị trí phù hợp và cấp mã mới.
Mã số đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh đó không thay đổi.
Trường hợp sáp nhập, tỉnh hợp nhất có trụ sở UBND đóng tại tỉnh nào thì mang mã số của tỉnh đó, mã số của tỉnh còn lại sẽ bị đóng và không cấp lại cho đơn vị hành chính khác.
Mã số cấp huyện và cấp xã của tỉnh hợp nhất không thay đổi.
Đối với cấp xã thực hiện chia tách, xã có trụ sở UBND đóng trên địa điểm cũ thì mang mã số cũ. Xã có trụ sở UBND đóng trên địa điểm mới được xếp vào vị trí phù hợp và cấp mã số mới.
Trường hợp nhập xã, xã hợp nhất có trụ sở UBND đóng tại xã nào thì mang mã số của xã đó, mã số của xã còn lại bị đóng và không cấp lại cho đơn vị hành chính khác.
Cấp xã chuyển huyện thì mã số của đơn vị hành chính cấp xã đó không thay đổi.
Trường hợp đơn vị hành chính các cấp đổi tên, chuyển từ khu vực nông thôn sang thành thị hoặc ngược lại thì mã số không thay đổi.